Guru Hanseku Doi, yang mengajar di  Akademi Ninjutsu, tempat Rantarou, Kirimaru, dan Shinbei sekolah dan berlatih ninja, dikabarkan hilang secara tiba-tiba. Namun, Zatto Konamon, enggan memberikan alasan kenapa ia tiba-tiba menggantikan Guru Hanseku Doi. Sementara itu, pimpinan Akademi Ninja Yamada mendapat kabar bahwa guru Doi menghilang misterius selepas berduel dengan Sonamon, salah seorang muridnya. Akibat kejanggalan tersebut, ia membentuk tim untuk memulai pencarian. Mereka terdiri dari murid ninja tingkat 6, untuk menyusuri Benteng Donkutake.

Film ini diadaptasi dari serial anime yang diangkat dari komik berjudul sama karya Sobe Amako. Pertama kali muncul pada 1993, di Indonesia karya ini dikenal dengan judul Ninjaboy. Berkisah tentang tiga sahabat, Rantaro, Kirimaru, dan Shinbe, yang belajar bersama-sama di perguruan ninjutsu, demi menjadi ninja yang hebat. Kesuksesan komik ini kemudian dijadikan serial anime yang pernah ditayangkan di televisi Indonesia. Nintama Rantaro juga pernah dibuat menjadi film live action berjudul Ninja Kids (Takashi Miike - 2011). Film Nintama Rantaro: Invicible Master of the Dokutake Ninja, yang rilis di Jepang pada Desember 2024, ininmenampilkan cerita menarik, dengan aksi, dan komedinya yang khas. LSF mengklasifikasikan film ini untuk penonton  usia 13 tahun ke atas. (ibn)