Panji (pengisi suara Deni Sumargo) menjual jiwanya kepada ilmu hitam demi membalaskan dendam atas kematian istrinya, Murni (Aisha Nurra Datau). Saat terbangun, Panji menemukan raganya terbelenggu ilmu hitam yang meguasai jiwanya. Setelah berkelana tanpa arah, Panji bertemu Gantari (Aghniny Haque) dan pendekar sakti Bramantya (Dony Damara), yang meminta bantuannya untuk mengejar bandit yang telah merebut pusaka sakti untuk menghapuskan kuasa ilmu hitam. Panji menerima tawaran yang menyeretnya ke dalam perang antara dua kerajaan, serta menguak kenyataan masa lalunya yang kelam.

 Panji Tengkorak merupakan film animasi yang diadaptasi dari komik berjudul sama karya Hans Jaladara (1968). Bagi Sutradara Daryl Wilson, Panji Tengkorak adalah karya ikonik Indonesia yang dibuatnya dalam format animasi dengan memaksimalkan visi utamanya, yakni mengeksplorasi keindahan komik tersebut. LSF mengklasifikasikan film Panji Tengkorak untuk penonton usia 13 tahun ke atas. (anq)